Природозащитниците твърдят, че проектът ще унищожи приоритетни местообитания от европейската екологична мрежа Натура 2000 и ще влоши условията за воден туризъм в района.
От WWF обясняват, че в долното си течение Янтра в Русенско е с най-запазена природа, част от Натура 2000. Там се срещат застрашени видове, посочени в Бернската конвенция и международния червен лист (IUCN), които ще бъдат критично засегнати.
При преминаване през турбините на ВЕЦ се очаква висока смъртност на възрастни риби и личинки. Речен кефал, скобар, распер, бяла мряна, които са основен обект за спортния риболов в Янтра, ще бъдат ограничени в преминаването си нагоре по течението, което ще доведе до намаляване и дори изчезване на рибата, сочат от WWF.